Di sekolah Marie Joseph ada beberapa peraturan dan kebiasaan yang harus ditaati, antara lain: Renungan setelah bel masuk sekolah, doa Malaikat Tuhan (Angelus), dan lain-lain. Semua bertujuan untuk menciptakan siswa-siswi yang CERDAS,KREATIF,MANDIRI,BERBUDI LUHUR.


Di SMA Marie Joseph diterapkan sistem POINT, dimana jika siswa-siswi melakukan pelanggaran maka akan dikurangi point-nya tergantung berat/ringannya pelanggaran yang dilakukan. Sebaliknya jika siswa-siswi mengikuti perlombaan baik dalam lingkungan internal sekolah (baca: lomba antar kelas) maupun mewakili sekolah dalam kejuaraan, baik yang bersifat akademik maupun non-akademik akan diberikan penambahan point. Jika siswa-siswi mendapat pengurangan point mencapai jumlah tertentu akan dikenakan Surat Peringatan. Dan jika sampai 3 (tiga) surat peringatan masih saja belum ada perubahan sikap maka siswa/i yang bersangkutan DIKEMBALIKAN KEPADA ORANG TUANYA. Disamping itu POINT juga mempengaruhi kenaikan kelas seluruh siswa-siswi SMA MARIE JOSEPH.